【平穏を取り戻した竜宮島に迫る新たな脅威。記憶を失った少年と、再び戦場へ向かう一騎たち。対話か、破壊か。少年たちの決断。】
謎の生命体フェストゥムとの激戦から2年。日本の離島・竜宮島は、束の間の平和を享受していた。しかし、突如として太平洋上に出現した謎の無人艦隊。それは新たな戦いの始まりを告げる合図。そんな中、島に一人の少年、来主操が保護される。彼はすべての記憶を失っていたが、パイロットたちと心を通わせていく。だが、フェストゥムの新たな群れが島に襲来。皆城総士の遺志を継ぎ、再びファフナーに搭乗する真壁一騎たち。人類とフェストゥムの共存を模索する彼らの前に、操の存在が投げかける、希望と絶望の選択。
謎の生命体フェストゥムとの激戦から2年。日本の離島・竜宮島は、束の間の平和を享受していた。しかし、突如として太平洋上に出現した謎の無人艦隊。それは新たな戦いの始まりを告げる合図。そんな中、島に一人の少年、来主操が保護される。彼はすべての記憶を失っていたが、パイロットたちと心を通わせていく。だが、フェストゥムの新たな群れが島に襲来。皆城総士の遺志を継ぎ、再びファフナーに搭乗する真壁一騎たち。人類とフェストゥムの共存を模索する彼らの前に、操の存在が投げかける、希望と絶望の選択。