大阪・難波を拠点とする人気アイドルグループ「NMB48」の冠番組を映画化した「NMB48 げいにん！THE MOVIE お笑い青春ガールズ！」（2013）の続編。関西有数のお嬢様学校「なんば女学院」のお笑い部に巻き起こる新たな騒動を描く。女子高生による漫才の全国大会「JK-1グランプリ」の前回大会で、審査委員特別賞を受賞した山本彩と渡辺美優紀のコンビ「さやみるきー」。今年もJK-1に挑戦した2人だが、予選落ちしてしまう。他の部員の士気も下がってしまい、お笑い部は廃部寸前の危機に。そんなお笑い部に、謎の美少女・矢倉楓子が新入部員として現れるが、彼女の正体は成仏しきれない幽霊だった。矢倉のたったひとつの願いをかなえるため、バラバラになりかけていた部員は一致団結するが……。