スーパー戦隊シリーズの39作目「手裏剣戦隊ニンニンジャー」と、その前作「烈車戦隊トッキュウジャー」がクロスーバーする劇場版。悪の組織シャドーライン残党の闇博士マーブロが、伝説の忍者の「闇クローン」を作り出すため、手裏剣戦隊ニンニンジャーをおびき寄せて罠にはめる。ニンニンジャーのピンチに、かつてシャドーラインと戦った烈車戦隊トッキュウジャーが駆け付けるが、闇のオーラに包まれた天晴＝アカニンジャーから、ハイブリッド忍者「闇アカニンジャー」が誕生してしまう。敵役となる闇博士マーブロを演じるのは、「南海キャンディーズ」の山里亮太。