「永遠の0」の山崎貴監督が、岩明均の人気コミック「寄生獣」を実写映画化した2部作の後編。右手に寄生生物ミギーを宿した高校生・泉新一の暮らす東福山市は、広川市長を中心に組織化されたパラサイトたちが一大ネットワークを構築。寄生生物殲滅を目指す人間側も、対パラサイト特殊部隊を結成して奇襲作戦の準備を進めていた。一方、人間の子を産み、人間との共存を模索するパラサイト・田宮良子は、ミギーと共生する高校生・泉新一の存在に、その可能性を見出していたが、新一は母親を殺されたことをきっかけに寄生生物への憎しみを募らせていた。そんな彼らの前に、最強のパラサイト・後藤が現れる。