地底を支配する恐竜帝国の帝王ゴールは地上征服を狙って、東京を人間ごとそっくり奪おうとメガザウルスを地上に送り込んだ。メガザウルスは変電所、鉄橋を破壊し始めたので、早乙女博士は、ミチル、元気、リョウ、ハヤト、ムサシを呼び寄せ、東京の偵察を命じた。だが、コマンド・マシンに乗ったミチルはメガザウルスの角でコマンド・マシンの翼を折られ重体を負った。一方、メガザウルスの隠れ場所をつきとめた早乙女博士は「東京を救うために、メガザウルスを倒せ！」と三人に命じ、リョウ、ハヤト、ムサシは、イーグル号、ジャガー号、ベアー号のゲッターマシンにそれぞれ乗り込み、出発した。まず、メガザウルスを発見したゲッター・1は、ゲッタートマホークで攻撃するが、メガザウルスは転げまわって益々荒れ狂った。そこで三人が協力し、ゲッター1、2、3は合体、攻めまくった。その時、近くの港に恐竜艇が現われた。三人の中で一番の怪力の持主ムサシは、メガザウルスを持ち上げ、恐竜艇にぶっつけると、同時に爆発した恐竜艇とメガザウルスは、海底へと消えていった。