新選組を題材に描き、これまでにもテレビアニメ、ドラマ、舞台、ドラマCDなど、さまざまなメディアで展開された黒乃奈々絵の人気漫画「PEACE MAKER 鐵（くろがね）」を劇場アニメ化した2部作の後編。慶応4年、幕府軍と薩摩軍の間で鳥羽伏見の戦いが始まる。新選組は、土方が前線で指揮を執るなど奮戦するが、圧倒的に不利な銃撃戦や淀城の薩摩への寝返りなどで苦戦し、次第に追い詰められていく。そして、思いを寄せる少女・沙夜を身請けするため奔走していた鉄之助は、隊を離れたまま幕府軍大敗の知らせを受け、隊に戻ることを決意するのだが……。