「ゴジラ」シリーズ初のアニメ作品として製作された劇場3部作「GODZILLA」の第2章。ゴジラに蹂躙された地球を取り戻すため決死の戦いに挑んだハルオをはじめとした人類だったが、地中深くから現れた真のゴジラ＝ゴジラ・アースに敗退。ハルオは、かつての地球人類の生き残りと目される「フツア」と呼ばれる民族の少女ミアナに助けられる。フツアもかつてゴジラに敗れたと言い伝えられていたが、彼らの持つ金属のナノメタルが、21世紀に対ゴジラ決戦兵器として開発されたメカゴジラを構成する物質と同じものであることが判明。メカゴジラの開発プラントがいまだ残されていることが明らかになり……。「シドニアの騎士」「亜人」「BLAME!」など3DCGアニメーションで高く評価されるポリゴン・ピクチュアズがアニメーション制作を担当し、同社制作のアニメを多数手がけてきた静野孔文、瀬下寛之が監督。人気脚本家の虚淵玄がストーリー原案・脚本を担当する。