宮部みゆきが作家生活25年の集大成として9年間にわたり連載して書き上げたミステリー巨編「ソロモンの偽証」を、「八日目の蝉」の成島出監督が映画化した2部作の後編。男子生徒・柏木卓也の死から始まった一連の事件に揺れる城東第三中学校で、前代未聞となる子どもによる子どもだけの校内裁判が行われることになった。告発状によって柏木卓也殺害の嫌疑をかけられた問題児の大出俊次を被告に、校内裁判の提案者である藤野涼子は、検事として大出の有罪を立証しようとする。対して、他校生でありながら裁判に参加する神原和彦は大出の弁護人となり、涼子と対峙する。さまざまな思惑が絡まり合う中、涼子らは必死で真相を究明しようとするが……。