PlayStation2用の人気ゲームをアニメ化した劇場版「ペルソナ3」シリーズ第2作。私立月光館学園に転入した結城理は、異形の怪物「シャドウ」の襲撃をきっかけに、シャドウに対抗できる特殊能力を持った「ペルソナ」の力が覚醒した。ペルソナ使いたちで構成された特別課外部活動に引き入れられ、当初は流されるままにシャドウとの戦いを重ねていた理だったが、次第に心境に変化が生まれ、仲間との絆も獲得していく。やがて夏が訪れ、日々に充実感さえ覚えるようになった理は、新たな試練に直面する。原作ゲームの人気キャラクターで、坂本真綾が声優を務めるアイギスが登場。