【西暦2029年、サイバーパンクSFの金字塔。謎のハッカーを追う公安9課のサイボーグ捜査官、草薙素子が自らの存在意義を問う物語。】
超高度ネットワーク社会と化した西暦2029年の日本。脳と体をサイボーグ化した全身義体の捜査官、草薙素子。彼女が所属する内務省直属の攻性公安警察組織「公安9課」。ある日、国際的に指名手配された謎のハッカー「人形使い」が日本に出現。彼の目的は、サイバー空間での政治工作やテロ、情報操作。素子と公安9課の面々は、神出鬼没の「人形使い」を追跡。しかし、捜査を進める中で、素子は義体と脳で構成された自分自身の存在、「ゴースト」の根源について深く問い始める。やがて「人形使い」との対峙が、彼女の運命を大きく揺るがす衝撃の真実へと繋がる。
超高度ネットワーク社会と化した西暦2029年の日本。脳と体をサイボーグ化した全身義体の捜査官、草薙素子。彼女が所属する内務省直属の攻性公安警察組織「公安9課」。ある日、国際的に指名手配された謎のハッカー「人形使い」が日本に出現。彼の目的は、サイバー空間での政治工作やテロ、情報操作。素子と公安9課の面々は、神出鬼没の「人形使い」を追跡。しかし、捜査を進める中で、素子は義体と脳で構成された自分自身の存在、「ゴースト」の根源について深く問い始める。やがて「人形使い」との対峙が、彼女の運命を大きく揺るがす衝撃の真実へと繋がる。