賀東招二による人気ライトノベルが原作のテレビアニメ「フルメタル・パニック！」のディレクターズカット版3部作の第2部。2002年1月からWOWOWで全24話が放送されたテレビシリーズ第1期を再編集し、リテイクや新規カット、新テーマ曲も加えて劇場アニメ化。テレビ放送時は4：3だった画面比を16：9にあわせ、2chステレオだった音響も擬似5.1ch化するなど、16年前のテレビアニメを劇場上映するにあたり、さまざまなブラッシュアップが施されている。テレビ版の監督を務めた千明孝一が、編集や音響作業などを自ら行っている。