冨樫義博の人気コミック「HUNTER×HUNTER（ハンターハンター）」の劇場版アニメ第2弾。かつてハンター協会には強大な力をもったハンターたちが存在したが、彼らは「光」と「闇」に分かれ、それぞれが選ぶ道に進んだ。そして時が流れた現代、闇のハンターたちが全ハンターを抹殺するために動き出し、その激しい攻撃の前にキルアやクラピカが倒されていく。主人公ゴンや仲間のキルアらが所属するハンター協会の闇の歴史や、全ハンターを巻き込む大事件、それらをめぐりハンターたちが繰り広げる特殊能力「念」を駆使した壮絶なバトルが描かれる。