ハワイ中に散らばっていた625の試作品を無事に回収したご褒美として、リロ、スティッチ、ジャンバ、プリークリーは、かねてから望んでいた任務を与えられる。ところが、刑務所を脱走した邪悪なハムスターヴィール博士がジャンバを脅迫し、スティッチそっくりの凶悪なリロイを作らせたことで、リロたちにピンチが訪れる！しかもハムスターヴィール博士は、リロイのクローン軍隊も製造していた！この窮地に助けを求めるリロだが、果たして、宇宙のかなたにいるスティッチたちにSOSは届くのか？そしてそれぞれの場所へと行ってしまった彼らの本当の居場所とは?