「宇宙戦艦ヤマト」を新たなスタッフ＆キャストで描き、2012年4月から劇場先行上映、13年4月からMBS・TBS系列で放送されたテレビシリーズ「宇宙戦艦ヤマト2199」（全26話）の特別編集版。西暦2199年、アベルト・デスラー率いる大ガミラス帝星が遊星爆弾によって地球を攻撃し、人類は滅亡の危機に頻していた。この危機に対し、人類は初の恒星間航行が可能な宇宙戦艦「ヤマト」を建造。16万8000光年の彼方にあるというイスカンダルへ、ガミラスの攻撃によって汚染された地球を浄化再生できる「コスモリバースシステム」を受け取りにヤマトは旅立つ。しかし、その行く手に圧倒的な力を誇るガミラスの軍勢が立ちふさがる。テレビシリーズで描かれたヤマトの旅路を、古代進の視点から振り返る。