「イナズマイレブン」や「ダンボール戦機」などのヒット作を送り出してきたレベルファイブが2013年に発売したゲームを原作に、コミックやアニメも含めたクロスメディア展開で、子どもたちの間で大ブームを巻き起こしている「妖怪ウォッチ」の劇場版アニメ。ある日、寝ていたケータの腕から突然、妖怪ウォッチが光を放って消えてしまう。手がかりを探しに祖母の家のあるケマモト村に向かったケータは、そこで妖怪ウォッチが消えた謎の鍵を握る妖怪フユニャンと出会う。ケータは妖怪ウォッチを取り戻すため、ウィスパーやジバニャン、フユニャンとともに60年前の世界にタイムスリップするが、そこには強大な敵が待ち受けていた。