Amazonプライム・ビデオ初の日本オリジナル作品として2016年に2シーズンが配信された「仮面ライダーアマゾンズ」を映画化。配信版シーズン2の後の物語となり、人工生命体「アマゾン」をめぐる新たな計画や、水澤悠／仮面ライダーアマゾンオメガと鷹山仁／仮面ライダーアマゾンアルファの信念がぶつかり合う激闘が描かれる。人間による人工生命体「アマゾン」の殲滅作戦が佳境を向かえ、残りは生存が確認されている2体のアマゾン、水澤悠／仮面ライダーアマゾンオメガと鷹山仁／仮面ライダーアマゾンアルファを狩れば、すべてが終わるはずだった。しかし、アマゾンをめぐる新たな計画「アマゾン畜産計画」や謎の養護施設の存在が明らかになり……。