【夏美が深海のプリンセスに！？地球（ペコポン）侵略を企むケロロ小隊が、今度は海の底で大冒険を繰り広げる！】
夏休み、南の島を訪れた日向家とケロロ小隊。しかし、突如現れた謎の海洋生物によって、日向夏美が深海の王国へと連れ去られてしまう。彼女は、その国のプリンセスに選ばれたというのだ。夏美を救出するため、ケロロ小隊は未知なる深海の世界へ！だが、彼らの前にはプリンス・メールと、地球を水没させかねない恐るべき古代兵器が待ち受けていた。友情と侵略の間で揺れるケロロたちの、地球の運命を賭けた戦いの結末は。
夏休み、南の島を訪れた日向家とケロロ小隊。しかし、突如現れた謎の海洋生物によって、日向夏美が深海の王国へと連れ去られてしまう。彼女は、その国のプリンセスに選ばれたというのだ。夏美を救出するため、ケロロ小隊は未知なる深海の世界へ！だが、彼らの前にはプリンス・メールと、地球を水没させかねない恐るべき古代兵器が待ち受けていた。友情と侵略の間で揺れるケロロたちの、地球の運命を賭けた戦いの結末は。