人気アニメ「機動警察パトレイバー」を実写化した「THE NEXT GENERATION パトレイバー」の長編劇場版。全7章にわけて劇場上映もされたドラマ版に続く物語で、1993年に公開されたアニメシリーズの劇場版第2作「機動警察パトレイバー2 the Movie」の後日談にもなっている。ある日、お台場のレインボーブリッジが爆破されるという事件が発生。数日前に陸上自衛隊の演習場から強奪され、最新鋭のステルス機能を備えた戦闘ヘリコプター、通称「グレイゴースト」を利用したテロ事件と判明する。さらに事件の背後には、13年前に首都東京を舞台に幻のクーデターを企てた柘植行人の教え子たちの存在があった。先代の隊長たちが13年前の事件解決に深く関与した過去のある特車二課の後藤田隊長は、事件解決のため、そして解隊の危機にある二課を守るために動き始める。