2006～08年にかけて計2シーズンが放送された人気アニメーション「コードギアス 反逆のルルーシュ」のアナザーストーリーを全5章で描く「コードギアス 亡国のアキト」の第3章。ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合（E.U.）の戦いが続くなか、作戦を終えたアキトたちワイバァン隊は駐屯地に戻ろうとするが、何者かによってID登録を抹消されてしまい、戻れなくなってしまう。一方、ユーロ・ブリタニアには、神聖ブリタニア帝国皇帝直属の騎士団「ナイトオブラウンズ」のひとりである枢木スザクを従えた、謎の軍師ジュリアス・キングスレイが着任。皇帝の名の下に、対E.U.戦線の指揮権を掌握するが……。