【1995年、日本。謎の巨大生物ギャオス襲来。人類の希望は、伝説の怪獣ガメラに託された。】
太平洋上で発見された巨大な環礁。その正体は、古代アトランティス文明が作り出した生物兵器「ガメラ」の眠る姿。時を同じくして、九州の姫神島では人を喰らう凶悪な怪鳥「ギャオス」が覚醒。福岡ドームを巣窟とし、次々と人々を襲うギャオスに対し、自衛隊の攻撃は全く歯が立たない。人類が絶望の淵に立たされたその時、深き眠りから目覚めたガメラが飛来。人類の味方か、それとも新たな破壊者か。古代の因縁が、現代日本を舞台に激突する、壮絶な大怪獣決戦の幕開け。
太平洋上で発見された巨大な環礁。その正体は、古代アトランティス文明が作り出した生物兵器「ガメラ」の眠る姿。時を同じくして、九州の姫神島では人を喰らう凶悪な怪鳥「ギャオス」が覚醒。福岡ドームを巣窟とし、次々と人々を襲うギャオスに対し、自衛隊の攻撃は全く歯が立たない。人類が絶望の淵に立たされたその時、深き眠りから目覚めたガメラが飛来。人類の味方か、それとも新たな破壊者か。古代の因縁が、現代日本を舞台に激突する、壮絶な大怪獣決戦の幕開け。