2006年～08年に計2シーズンがテレビ放送された人気アニメーション「コードギアス 反逆のルルーシュ」のアナザーストーリー。テレビシリーズと同じ時間軸で、別の場所で展開されていた物語を全5章で描く。皇暦2017年、神聖ブリタニア帝国に占領され「エリア11」となった日本で、王位継承権と母親の命を奪われたブリタニア帝国の皇子ルルーシュが、仮面の男「ゼロ」となり帝国に反旗を翻していた頃、ヨーロッパでもブリタニア軍が圧倒的な武力で各国へ侵攻。元ブリタニア貴族のレイラが司令官を務める欧州連合軍の特殊部隊「wZERO」に所属するアキトは、それぞれ凄惨な過去を持つ日本人の少年少女の隊員たちとともに、生還率の低い無謀な作戦に投入される。